Altres perills de la guerra van ser els bombardejos sobre el Museu del Prat a Madrid. València va ser el lloc elegit per salvaguardar les obres d’art d’aquest museu. Josep Renau fou un dels màxims responsables del salvament del tresor artístic nacional. Renau va elegir l’Església de Col·legi del Patriarca com a refugi de les obres d’art.
Es van triar les parts més resistents, les capelles laterals a la nau central i, entre aquestes, les que per la seva orientació es trobaven fora de perill dels bombardejos marítims per a albergar aquelles obres, com las Meninas, que per les seves dimensions no podien entrar pels accessos de la fortalesa de les torres de Serrans.